九月二日，其中三百四十人被判抄家流放，一百人被推出午门斩首示众，剩下的人从此不知所踪，音信全无，但无一例外的就是无论死活全都被抄没了家产。
九月五日，魏忠贤正伺候着朱由校用膳，田尔耕在下首手持奏本坐着报告：
“启禀陛下，此次针对锦衣卫的内部清洗已基本完成，共有一千三百八十人被革职查办，其中三百四十人抄家流放边塞，一百人已于午门外斩首，一百零六人内部处决。
抄没家产共得黄金六万八千七百七十二两，白银八百六十四万五千三百二十六两，房产一千三百六十间，田地十二万九千六百余亩，以及各种宝物不计其数！”
朱由校高兴地拍着手道：“不错，不错，朕就算是养猪，养的也是一头头肥猪啊！最后全都便宜了朕，啊哈哈哈哈……”
朱由校抒发了激动的心情，扭头对魏忠贤道：“老狗，你每年从江南那些士绅手里榨出来的钱有没有朕这次这么多啊？”
魏忠贤一脸尴尬，低头拱手道：“老奴每年能从江南收上来大概二百多万两，不敢与陛下相比。”
朱由校点点头：“以后每年你都要从江南给朕收至少五百万两上来充盈国库。这次抄没的金银全部收入内帑。房产挑出来零散无用的以市价出售，所得收入内帑，大片的房产如果临近京城就先封起来备用；田地零散的也以市价出售，所得收入内帑，大片田地收归皇庄；至于那些宝物全部给朕卖掉，所得收入内帑。”
“老奴遵命照办！”
朱由校又对田尔耕道：“从今以后，锦衣卫从东厂剥离，独立行事不再受制东厂，直接听命于朕。这一千三百人的缺额尽快补齐，朕给你一道手谕，除了西厂，各处人员随你挑。”
“臣遵旨！谢陛下隆恩！”田尔耕拱手称是，还偷偷瞄了一眼魏忠贤，只见魏忠贤一副事不关己高高挂起的样子。
九月十日，朱由校召见了锦衣卫、东厂、西厂的负责人和高层官员，正式在厂卫内部颁行了《厂卫纪律》，明确规定了各厂卫的具体权力和职责。
《厂卫纪律》明确规定：
锦衣卫负责人为锦衣卫都指挥使，正三品官衔，直属皇帝。负责皇帝和内廷的侍卫，掌管紫禁城南北两门的安全；负责巡查京师、监察南北直隶官员；负责监察东缉事厂和西缉事厂；负责缉捕、审问犯人并执行刑罚。锦衣卫在全国各省治所开设千户所。
东缉事厂负责人为东缉事厂提督太监，直属皇帝。负责巡查大明，监察天下百姓、官员；负责紫禁城东门的安全；负责监察锦衣卫和西缉事厂；负责缉捕、审问犯人。东缉事厂在各省治所、各府设千户所，在各州、县设百户所。
西缉事厂负责人为西缉事厂提督将军，正三品官衔，直属皇帝。负责巡查海外、侦查海外，监察大明；负责紫禁城西门的安全；负责监察锦衣卫和东缉事厂；在海外拥有侦查、缉捕、审问、行刑等全部生杀大权。西缉事厂在大明各省治所设千户所；在海外一国设千户所，一地则适配百户所。
另外，厂卫掌管内帑，东缉事厂执掌内帑日常出入库，西缉事厂每年六月派人清点、审查账目呈交皇帝，锦衣卫每年年末春节前派人清点、审查账目呈交皇帝。
从皇帝处离开后，田尔耕紧走几步跟上魏忠贤，轻声道：“干爹，我……”
“哎——”魏忠贤一把打断道：“田大人，你我同朝为官，都是直达天听，当全心全意为陛下做事，鞠躬尽瘁死而后已，万不可私下蝇营狗苟，辜负了陛下的期冀呀！”不待说完便缓步离去。
田尔耕这才恍然大悟，对着魏忠贤的背影拱手作揖：“谢公公提点！”
皇帝和内廷、厂卫之间的事情，百官们所听所闻并不多，但所有的官员都隐隐察觉到这朝廷内外可能要变天了。
天启七年十月一日早朝，许久未上朝的朱由校终于精神抖擞地出现在百官面前。朱由校饶有兴致地听取了百官的奏本，其中最多的便是来自于陕西、山西、河南、河北、湖北等地大大小小的农民起义和暴乱，以及各地的水旱蝗等灾害情况。
朱由校实在是不想听这帮老家伙在朝堂上吵吵闹闹，便直接找魏忠贤要来了内阁名单，只见名单上是现任的十位阁臣，分别是：首辅黄立极，次辅施凤来，辅臣张瑞图、李国普、来宗道、杨景辰、周道登、钱龙锡、李标、刘鸿训。又要来毛笔在名单上涂涂改改，然后和魏忠贤耳语几句，魏忠贤便开始拟旨。
大臣们见皇帝不说话，又见魏忠贤在拟旨，便也不吭声，一个个大眼瞪小眼等待着。
不久，魏忠贤手持圣旨，清了清嗓子：
“奉天承运皇帝，召曰：
着黄立极巡抚山西提督山西军务，即日起任，赈灾安民；着施凤来巡抚甘州、肃州，即日起任，赈灾安民；着张瑞图巡抚河南，即日起任，赈灾安民；着周道登巡抚湖广，即日起任，赈灾安民；
任韩爌为礼部尚书，加文渊阁大学士，入文渊阁参预机务为内阁首辅；
任温体仁为吏部尚书，加东阁大学士，入文渊阁参预机务为内阁次辅；
任徐光启为工部尚书，加文渊阁大学士，入文渊阁参预机务为内阁次辅；
迁大名府知府卢象升为兵部右侍郎；
命兵部左侍郎袁可立提督山东军务；
命武英殿大学士李标巡抚山东。钦此！”
话音未落，整个朝堂议论纷纷，百官交头接耳，几位被贬谪的内阁大臣则是目瞪口呆，阉党成员纷纷向魏忠贤投去疑问的目光，却只见魏忠贤宣读完圣旨后垂首站立一旁，眼观鼻，鼻观口，口观心，对所有人的目光视而不见，仿佛一切都事不关己。
见阉党这边一个个垂头丧气，东林党那边可就兴奋了。东林党元老韩爌重执内阁牛耳，阉党的黄立极、施凤来、张瑞图被贬到地方，那以后东林在内阁岂不是横着走了？而且皇帝近期的一连串动作，厂卫改革、内阁变动，每一步都在打击阉党、缩小限制魏忠贤的势力啊！东林的春天终于要来了！
朱由校把朝堂上百官的反应看在眼里，特别是东林党成员得意的样子，心中冷冷一笑：“以后再慢慢整治你们！”
十月二十日，朱由校在御书房召见了骆思恭、骆养性父子。
朱由校悠悠地喝着茶，这正宗的西湖龙井果然不错，几杯下肚，朱由校只觉精神一振。下首的骆思恭也细细品着茶，虽然家中也有西湖龙井，但皇帝的茶叶却是万里挑一的贡品，自是精细许多。骆养性虽然也有皇帝赐座，但那茶水一口下去，他只觉味同嚼蜡，心思活泛，早出九霄之外了。
朱由校放下茶杯，挥挥手让宫女太监全都退下，房中仅剩皇帝和骆氏父子。
朱由校道：“骆爱卿，西厂重开已有四个月了，目前进展如何？”
骆思恭拱手道：“禀陛下，国内人员架构皆已完备，其中京师、北直隶和南直隶都是满编三千人，十三省各设一个千户所，满编一千人。
九月上旬已开始向海外派遣人员到各地按照实际情况建立千户所或百户所，目前已初步成形的有辽东、塞北、西域、朝鲜、东瀛、安南、占城、暹罗、爪哇、吕宋十个千户所以及八十余个百户所，人员视各千户所在地实际情况而定。”
朱由校满意地点点头：“嗯——不错！骆爱卿不愧是朕的左膀右臂，做事雷厉风行！但是，重生的西厂还很稚嫩，想要在大明重振声威，就必须有拿得出手的成绩才行。”
“请陛下明示！”
朱由校拿出一份奏本交给骆思恭，道：“近期重点关注这几个地方的人员活动，名单上的人和世家全都秘密调查好，盯紧一些，要查什么要做什么，什么时候做朕已经全部写在这了，爱卿照着做便是。”
骆思恭接过奏本：“臣遵旨！”